投資不動産の売却で知っておきたい税金のすべて：種類・計算方法・節税対策
投資不動産を売却する際、税金に関する疑問や不安を感じることはありませんか。特に初めての売却では、多くの税務関連作業に直面し複雑に思えるかもしれません。正確な情報を基に計画を立て、財務的な予測をするのが、安心して売却を進めるうえで重要です。
本記事では、投資不動産売却にかかる主な税金の種類から、譲渡所得の計算方法、節税に役立つ特例、確定申告の注意点まで、売却時に知っておきたい税金に関する情報を網羅的に解説します。
また、税金以外にかかる費用やよくある質問も紹介しますので、不動産事業にチャレンジしたいと考えており、初めて投資不動産を売却する際に税金で不安を感じている方は参考にしてみてください。
- 投資不動産売却で知っておきたい主な税金の種類
- 短期譲渡所得と長期譲渡所得の違い
- 譲渡所得の計算手順
- 節税に役立つ特例と控除
- 税金以外にかかる費用
- 確定申告の基本と注意点
- 投資不動産売却でよくある質問
投資用不動産の売却をお考えの方は、ぜひ空家ベースをご活用ください。全国の空き家を売りたい人と買いたい人を繋ぐプラットフォームです。
掲載にかかる費用はもちろん無料です。各種SNSやHPなど様々な媒体を駆使して買手に物件をPRするので、なかなか売れずにお困りの物件も売却してきた実績があります。
投資不動産売却で知っておきたい主な税金の種類
投資用不動産の売却時には、複数の税金が発生します。特に初めて売却する方は、何にどれだけ税金がかかるのか分からず、不安を感じやすい傾向があります。ただし、課税対象となる税目や計算のしくみを事前に理解しておくと、売却にかかる総費用の見積もりがしやすくなり、収支計画を立てやすくなります。
主な税金には、売却益に対する譲渡所得税、契約書類にかかる印紙税、登記に関する登録免許税、さらに建物価格に関係する消費税などがあります。それぞれ、利益の有無や契約・登記といった手続きに応じて課税されるため、税負担を軽減するには、内容ごとの把握が欠かせません。
譲渡所得税（所得税・復興特別所得税・住民税）
不動産売却によって得た利益には、譲渡所得税が課税されます。譲渡所得税は、国税である所得税と復興特別所得税、そして地方税である住民税を含む税金です。
課税対象となる譲渡所得は、売却金額から取得費（購入時の費用）と譲渡費用（売却にかかった費用）を差し引いて算出します。投資用不動産の譲渡所得は、給与などの他の所得とは区別される「分離課税」の対象です。
また、税率は所有期間に応じて異なり、売却した年の1月1日時点で5年以下であれば「短期譲渡所得」、5年を超えると「長期譲渡所得」として、異なる税率が適用されます。売却益が発生した場合は、確定申告を通じて納税手続きが必要です。
詳細は国税庁のサイトをご確認ください。
参考：No.3202譲渡所得の計算のしかた(分離課税)｜国税庁
印紙税
不動産取引では、作成する契約書や領収書に応じて印紙税が発生します。売買契約書や媒介契約書、仲介手数料の領収書などが印紙税の対象です。
税額は、文書に記載された契約金額や受取金額に応じて細かく定められています。具体例として、1,000万円を超え5,000万円以下の売買契約書には2万円の印紙税がかかります。また、仲介手数料の領収書については、100万円超〜200万円以下であれば印紙税は400円です。
なお、金額の記載がない文書にも課税対象となるケースがあるため、文書の種類や内容を確認したうえで、適正な収入印紙を貼付し、消印して納付する必要があります。印紙税額は取引金額に応じて増えるため、高額な取引では特に事前確認が重要です。
現在、令和9年3月31日までに作成される不動産売買契約書には軽減措置が適用されており、同じ契約金額帯でも印紙税は1万円に抑えられます。
印紙税の詳細は国税庁の一覧表をご確認ください。
参考：No.7140印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで｜国税庁
登録免許税
不動産売却に伴う所有権移転登記では、登録免許税が発生します。所有権を売主から買主へ正式に移転するためには、法務局での登記手続きが必要です。この登記に際し、不動産の固定資産税評価額をもとに税率を乗じて税額を算出する仕組みとなっています。
税率は、登記の原因や内容によって異なり、売買による所有権移転登記など、目的ごとに定められています。通常は、登記申請時に法務局で納付する必要があります。また、登記に関連する手続きは専門性が高いため、司法書士などの専門家に依頼して進めると安心です。
具体的な税率については、国税庁または法務局でご確認ください。
消費税
不動産売却では、土地と建物で消費税の扱いが異なります。土地の売却は非課税取引とされており、消費税の対象とはなりません。
一方、建物の売却には消費税がかかるケースが多く、課税対象は建物部分のみとなります。また、仲介業者へ支払う仲介手数料も課税対象で、提供された仲介サービスに対して消費税が加算されます。
適用される税率は、契約やサービス提供のタイミングによって変わります。建物価格や仲介手数料に含まれる消費税は、売却にかかる諸費用として事前に確認しておくのが大切です。
詳細は国税庁の案内ページをご確認ください。
参考：消費税のしくみ｜国税庁
短期譲渡所得と長期譲渡所得の違い
不動産の譲渡所得にかかる税率は、所有期間によって大きく変わります。売却年の1月1日時点で、所有期間が5年を超えていれば「長期譲渡所得」、5年以下であれば「短期譲渡所得」として扱われます。この区分によって、適用される税率が約2倍も異なるため、最終的な税負担に大きな差が生じます。
売却時の手取り金額を正しく見積もるためには、所有期間を正確に把握しておく必要があります。わずかな期間の違いが、税額や利益に直結するため、売却のタイミングは慎重に判断するのが重要です。
5年以上の保有が有利になる理由
所有期間が5年を超えると、長期譲渡所得として優遇税率が適用されます。具体的には、所得税15％、住民税5％、復興特別所得税（所得税の2.1％相当）を加えた合計税率20.315％です。
譲渡所得は、売却価格から取得費と譲渡費用を差し引いて算出します。算出された金額に上記の税率をかけて税額を決定するため、短期譲渡所得に比べて大幅に負担を抑えることが可能です。
税制面を重視するのであれば、5年を超えてからの売却を検討する価値があります。
参考：No.3202譲渡所得の計算のしかた(分離課税)｜国税庁
参考：土地や建物を売ったとき｜国税庁
短期保有だと税金が高くなる仕組み
所有期間が5年以下の場合、短期譲渡所得として重い税率がかかります。この場合の税率は、所得税30％、住民税9％、復興特別所得税（所得税の2.1％相当）を加えた合計39.63％です。
譲渡所得の計算方法は長期と同じで、売却価格から取得費および譲渡費用を引いて算出しますが、適用される税率の高さにより、税額は長期の約2倍に膨らみます。売却益が大きい場合ほど、短期売却による税負担の影響も大きくなるため、保有期間の確認は不可欠です。
参考：No.3202譲渡所得の計算のしかた(分離課税)｜国税庁
参考：No.3255譲渡費用となるもの｜国税庁
譲渡所得の計算手順
不動産売却によって利益が出た場合、譲渡所得として課税対象になります。譲渡所得は、売却価格から取得費および譲渡費用を差し引いて計算されます。
計算に必要な費用を正しく把握し、もれなく反映させることが、正確な税額を求めるための基本です。この計算結果がそのまま税額に影響するため、実際に手元に残る金額を見積もるうえでも重要なステップです。
税負担の目安を把握し、無理のない売却計画を立てるためにも、譲渡所得の計算方法を理解しておく必要があります。作業を進める際には、国税庁のウェブサイトなど公的な情報を参照し、最新かつ正確な情報に基づいて対応するのが大切です。
取得費と譲渡費用の考え方
譲渡所得を計算する際に差し引ける主な費用は、取得費と譲渡費用です。
取得費とは、売却する不動産の取得にかかったすべての費用を指し、購入代金や建築費用のほか、購入時に支払った仲介手数料、登記費用、印紙税、不動産取得税などが含まれます。さらに、設備の取り付けや増改築にかかった費用も条件によっては取得費として計上できます。
一方、譲渡費用には、売却時に直接発生する支出が該当し、仲介手数料や測量費、解体費用、契約書に貼付する印紙税などが含まれます。これらの費用を正しく計上するためには、領収書や明細書を整理・保管しておくことが欠かせません。
取得費と譲渡費用を適切に算出すれば、課税対象額を抑えられて、無駄な税負担を避けられます。
参考：No.7108不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置｜国税庁
減価償却費を加味した計算例
建物を含む不動産を売却する場合、取得費から減価償却費を差し引く必要があります。
たとえば、2018年1月1日に木造の戸建て（事業用）を2,000万円で購入し、2023年12月31日に売却したケースを想定します。所有期間は6年で、法定耐用年数が22年の木造建物には、償却率0.046（定額法）が適用されます。このとき、年間の減価償却費は「2,000万円×0.046=92万円」であり、6年間の累計は「92万円×6年=552万円」です。したがって、建物部分の取得費は「2,000万円−552万円=1,448万円」となります。
減価償却費の正確な金額は、毎年の確定申告に基づく累計額を使って計算するのが基本です。
参考：No.2100減価償却のあらまし｜国税庁
参考：No.2106定額法と定率法による減価償却(平成19年4月1日以後に取得する場合)｜国税庁
節税に役立つ特例と控除
譲渡所得税は金額が大きくなりやすいため、利用可能な特例や控除を知っておくのが重要です。これらの制度をうまく活用すれば、税負担を軽減し、手元に残る資金を増やすことにつながります。
特に初めて不動産を売却する場合は、内容が複雑に感じられるかもしれませんが、要件を満たすかどうかを事前に確認しておけば、計画的な資金管理が可能になります。
不動産が該当するかどうかを見極め、活用できる制度の有無を判断するには、国税庁の公式情報などを参考にするのが確実です。
事業用資産の買換え特例
売却資産が事業用で、一定期間内に買い換えた場合は「事業用資産の買換え特例」が使える可能性があります。この制度を活用すると、譲渡益への課税を将来の売却時まで繰り延べられます。
買い換えた不動産の金額が売却額を上回ると、譲渡所得は一定割合を収入金額として計算する方法が適用される場合があります。結果として、売却資金を新たな物件購入へ回しやすくなるメリットがあります。ただし、この制度はあくまで課税の繰延であり、非課税になるわけではありません。
適用を受けるには、譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）などを添付した確定申告が必要です。
参考：No.3405事業用の資産を買い換えたときの特例｜国税庁
相続時取得費加算の特例
相続または遺贈で取得した不動産を一定期間内に売却した場合、「取得費加算の特例」が適用される場合があります。この制度を利用すると、納付済みの相続税のうち一定額を不動産の取得費に加算できます。対象となるのは、相続開始日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年以内に売却したケースです。
加算額の算出には「相続財産の取得費に加算される相続税の計算明細書」を使用し、譲渡所得の内訳書などと併せて確定申告する必要があります。取得費が増えれば、譲渡所得が圧縮され、税額を抑える効果が期待できます。
比較的短期間で相続不動産を売却する場合、税負担軽減策として有効です。
参考：No.3267相続財産を譲渡した場合の取得費の特例｜国税庁
損益通算の活用
不動産売却で損失が出た場合、損益通算や繰越控除ができるかどうかは用途によって異なります。
居住用財産（マイホーム）の売却で譲渡損失が生じた場合には、要件を満たせば他の所得と損益通算したり、最大3年間の繰越控除が可能です。
一方、投資用不動産などの事業用資産を売却して発生した譲渡損失については、原則として損益通算も繰越控除もできません。これは、家賃収入などで生じた不動産所得と異なり、譲渡による利益は譲渡所得として扱われ、他の所得と性質が異なるためです。
したがって、投資用不動産の損失を給与所得や事業所得と相殺して税額を減らせません。税務上の取り扱いを正しく理解しておくのが、不要な誤解を防ぐうえで重要です。
税金以外にかかる費用を把握しよう
不動産売却には税金以外にも多様な費用が発生します。譲渡所得税や住民税だけでなく、登記関連の手数料や不動産業者への報酬なども考慮する必要があります。これらの費用を事前に確認しておけば、売却にかかる総費用を正確に把握でき、手元に残る資金の見通しを立てやすくなります。
特に、戸建てを初めて売却する方にとっては、どのような支出が生じるのかを把握しておくことが無理のない売却計画を立てるために欠かせません。
ここでは、税金以外の代表的な費用である「抵当権抹消費用」と「仲介手数料」について詳しく解説します。
抵当権抹消費用や手数料
住宅ローンなどが残っている物件を売却する場合、抵当権の抹消手続きが必要です。この手続きには、登録免許税と、司法書士に依頼する際の報酬が発生します。
登録免許税は、不動産1件につき1,000円で、土地と建物がある場合は合計で2,000円が必要です。抵当権抹消登記は専門的な内容を含むため、司法書士へ依頼するケースが一般的です。報酬は依頼先によって異なりますが、5,000円〜3万円程度が相場とされています。
ご自身で申請も可能ですが、正確かつ迅速に手続きを進めるには専門家の活用がおすすめです。なお、抵当権が残ったままでは不動産の引き渡しができないため、売却前に費用と手続きの準備を進めておく必要があります。
仲介手数料とその計算方法
不動産業者に売却の仲介を依頼する場合、仲介手数料が発生します。この費用は、売買契約が成立した際に発生する成功報酬であり、宅地建物取引業法によって上限が定められています。上限を超えて請求するのは認められていないため、事前に金額や計算方法を明確にしておくのが大切です。
また、仲介手数料には消費税が課税されるため、税込か税抜かの確認も必要です。売買価格が800万円以下の「低廉な空家等」の売却については、特例により「税込33万円」の上限まで手数料を受領できる場合があります。
仲介手数料は売却代金から差し引かれる代表的な費用のひとつです。媒介契約の締結前に、具体的な金額や条件を不動産会社と確認しておくことをおすすめします。なお、売買契約書を電子書面で作成した場合、印紙税が不要になるというメリットもあります。
参考：No.3255譲渡費用となるもの｜国税庁
参考：＜消費者の皆様向け＞不動産取引に関するお知らせ｜国土交通省
確定申告の基本と注意点
投資用不動産を売却した場合は、原則として確定申告が必要です。これは、売却によって得た利益が「譲渡所得」として課税対象となり、給与所得や事業所得とは別に申告しなければならないためです。
初めて売却を経験する方にとっては、確定申告の手続きや必要書類が複雑に感じられるかもしれません。しかし、適切に申告すれば税額を正しく算出でき、特例を活用することで税負担の軽減につながるケースもあります。
ここでは、確定申告が必要な条件、手続きの流れ、注意点を整理しています。自身の売却内容と照らし合わせながら、準備を進めるのをおすすめします。
売却益が出た場合の申告と納税
不動産売却によって利益が出た場合は、譲渡所得として課税され、確定申告が必要です。
譲渡所得は、売却金額から取得費と譲渡費用を差し引いて算出されます。
取得費には、購入代金のほか、仲介手数料や登記費用、増改築費用などが含まれます。譲渡費用には、売却時の仲介手数料、印紙税、測量費、登記関連費用などが該当します。
税率は、売却年の1月1日時点での所有期間によって異なり、5年超なら長期譲渡所得、5年以下なら短期譲渡所得として課税されます。
所得税・復興特別所得税・住民税は、売却の翌年2月16日から3月15日までの間に申告・納税する必要があります。
赤字でも申告すべきケース
譲渡損失が発生した場合でも、確定申告をすれば制度を活用できる可能性があります。
ただし、投資用不動産の売却損失は、原則として給与所得や事業所得との損益通算は認められていません。これは、投資用資産が生活に必要な資産ではないとされるためです。
マイホーム売却の場合に認められている繰越控除や損益通算の特例は、投資用不動産には適用されません。
一方、事業用資産の買換えや相続財産の取得費加算といった特例に該当すれば、将来の税負担を抑えられる可能性があります。そのため、赤字であっても、該当する制度があるかどうかを確認し、必要に応じて確定申告をするのが重要です。
参考：No.3370マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき(マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例)｜国税庁
参考：No.3267相続財産を譲渡した場合の取得費の特例｜国税庁
必要書類と提出方法
譲渡所得の確定申告には、必要書類を事前に準備するのが不可欠です。主な書類には、確定申告書と譲渡所得の内訳書（土地・建物用）があります。
内訳書には、所在地・構造・面積・取得日・売却価格・取得費・譲渡費用などを詳細に記載する必要があります。加えて、事業用資産の買換え特例や相続財産に関する特例を利用する場合は、それぞれに対応した明細書や登記事項証明書などの添付も必要です。これらの書類は、国税庁のウェブサイトでダウンロードできるほか、税務署でも入手可能です。
提出方法には、e-Tax（電子申告）・窓口提出・郵送の3種類があります。ご自身の都合に合わせて、確実に期限内に提出するのをおすすめします。
参考：No.3202譲渡所得の計算のしかた(分離課税)｜国税庁
参考：タックスアンサー（よくある税の質問）｜国税庁
投資不動産売却でよくある質問
税金に関する疑問は、初めて投資用不動産を売却する方にとって避けて通れないテーマです。
本項では、これらのよくある質問を国税庁の情報をもとに解説し、税務の不安を減らす一助とします。ご自身の売却条件と照らし合わせながら、理解を深めて売却の判断材料にお役立てください。
マイホーム特例は使える？
投資用不動産を売却する場合、居住用財産向けの税制優遇措置は原則として使えません。
よく知られている「3,000万円特別控除」や「マイホーム買換え時の譲渡損失の特例」などは、自己居住用の資産が対象であり、賃貸目的で保有している投資用不動産には適用されません。この違いは、税法上で生活に必要な資産と事業目的の資産とが区別されていることによるものです。
家賃収入の赤字は他の所得と損益通算できる場合がありますが、不動産売却による損失は、原則として通算の対象にはなりません。ただし、例外として、相続した空き家（被相続人の居住用財産）を売却した場合には、「最高3,000万円の特別控除」が適用される場合があります。この制度を利用するには、被相続人の居住状況や売却時期など、いくつかの要件を満たす必要があります。
なお、令和6年以降の譲渡においては、相続人が3人以上の場合、控除額の上限は2,000万円です。
参考：No.3306被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例｜国税庁
参考：土地や建物を売ったとき｜国税庁
5年超えの物件を売っても必ず得？
所有期間が5年を超えると、長期譲渡所得として所得税15％・住民税5％（合計20％）の低い税率が適用されます。具体的には、5年以下であれば短期譲渡所得となり、所得税30％・住民税9％（合計39％）と税率が高くなります。このため、税制面では5年以上保有した物件の売却が有利になりやすい傾向があります。
とはいえ、「5年超えなら必ず得する」とは限りません。売却益の金額や取得費・譲渡費用の総額、不動産市況など、さまざまな要素が最終的な手取りに影響するからです。長期譲渡に該当しても利益が大きければ納税額も増えますし、短期でも利益が小さければ税額も低くなります。
したがって、所有期間だけで判断せず、コストや市場動向も含めて総合的に売却タイミングを見極めるのが大切です。
税金の支払い時期やペナルティについて知りたい
売却益が出た場合は翌年に確定申告をして、所定の期間内に納税する必要があります。
申告期間は通常、翌年の2月16日から3月15日までです。この期間内に申告書を作成し、税務署へ提出・納税を完了することが義務付けられています。
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すれば、必要項目を入力するだけで申告書が作成できます。申告を怠ったり実際より少なく申告した場合には、無申告加算税や過少申告加算税などのペナルティが発生します。さらに、納付が遅れた場合には延滞税が課され、意図的に事実を隠したケースでは重加算税が適用されるケースもあります。
したがって、正確な申告と期限内の納税は、不動産売却後の基本的な責務といえます。
まとめ
投資不動産の売却にかかる税金について、その種類や計算方法、利用できる特例、申告手続きなど、幅広い情報を解説しました。税金に関する正確な知識を持ち、事前にしっかりと計画を立てることは、不動産売却を成功させるために不可欠です。特に初めて売却される方は、今回の内容を参考に疑問点を解消し、安心して取引に臨んでいただければ幸いです。
空家ベースは空き家を売りたい人と買いたい人を繋ぐプラットフォームです。全国の物件が対象となっているため、都市部に限らず、郊外の不動産も公開・掲載ができます。不動産事業に興味のある方は、ぜひ一度お問い合わせください。
さらに、税金対策をしながら投資用物件をお探しの方にとっても、空家ベースは有益な選択肢です。収益物件としての可能性を持つ空き家を見つけたい場合は、ぜひ空家ベースの掲載情報をご覧ください。
投資用不動産の売却をお考えの方は、ぜひ空家ベースをご活用ください。全国の空き家を売りたい人と買いたい人を繋ぐプラットフォームです。
掲載にかかる費用はもちろん無料です。各種SNSやHPなど様々な媒体を駆使して買手に物件をPRするので、なかなか売れずにお困りの物件も売却してきた実績があります。
空家ベース編集部です。空家と書いて「ソライエ」と読みます。Twitter・Instagram・公式LINEなどでも物件情報を随時配信しています。空き家を買って再生したい方、他では売れないと言われてしまった空き家をご所有の方はぜひご相談ください！